基于TCGA和Oncomine数据库子宫内膜癌生物信息学分析

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摘要目的通过TCGA和Oncomine数据库对子宫内膜癌进行生物信息学分析，深入挖掘子宫内膜癌发生关键基因。方法从TCGA数据库中下载子宫内膜癌转录组数据，利用R软件对子宫内膜癌与癌旁正常组织进行比较，获取差异表达基因，进一步通过在线生物信息学工具对差异表达基因进行功能富集分析，并构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，采用Cytoscape软件对PPI网络进行筛选获取Hub基因。进一步在Oncomine数据库进行meta分析，获取关键基因。结果共挖掘子宫内膜癌差异表达基因1897个，其中上调1085个，下调812个，进一步对其进行功能富集分析，通过在线生物信息学工具构建PPI网络，前10位Hub基因，分别是CDC20、CCNB1、BUB1、CCNB2、DLGAP5、TPX2、NCAPG、NCAPH、CENPF和CDCA8。通过Oncomine数据库对Hub基因进行meta分析，最终获得5个关键基因分别是BUB1、TPX2、NCAPH、CENPF和CDCA8。结论基于TCGA和Oncomine数据库，获取子宫内膜癌关键基因，将为子宫内膜癌诊断、治疗及预后的研究提供新的思路。

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	段红桃潘勇

关键词 ： TCGA数据库, Oncomine数据库, 子宫内膜癌, 生物信息学分析, 关键基因

Abstract：Objective To conduct a bioinformatics analysis of endometrial cancer through TCGA and Oncomine databases, and to deeply explore the key genes of endometrial cancer. Methods Endometrial cancer transcriptome data were download from the TCGA database, differentially expressed genes were obtained with R software to compare endometrial cancer and normal paracancer tissues and functional enrichment analysis of differentially expressed genes were performde with online bioinformatics tools, and a protein-protein interaction (PPI) network was constructed, and Cytoscape software was screened the PPI network to obtain the Hub gene. Further meta-analysis was performed on the Oncomine database to obtain key genes. Results A total of 1897 differentially expressed genes in endometrial cancer were excavated, of which 1085 were up-regulated and 812 were down-regulated. The functional enrichment analysis was performed on them. The PPI network was constructed using online bioinformatics tools. The top ten Hub genes were CDC20, CCNB1, BUB1, CCNB2, DLGAP5, TPX2, NCAPG, NCAPH, CENPF, and CDCA8. The Hub gene was meta-analyzed through the Oncomine database, and the five key genes were finally obtained BUB1, TPX2, NCAPH, CENPF, and CDCA8. Conclusion Based on the TCGA and Oncomine databases, obtaining key genes for endometrial cancer provide new ideas for the diagnosis, treatment and prognosis of endometrial cancer.

Key words： TCGA database Oncomine database Endometrial cancer Bioinformatics analysis Key genes

基金资助:湖南省科技创新计划项目（2018SK52801）。

通讯作者: 潘勇（1977.4-），男，主任医师；研究方向：腹部超声、超声介入诊疗。

作者简介: 段红桃（1970.3-），女，副主任医师；研究方向：子宫内膜癌相关研究。

引用本文:

段红桃潘勇. 基于TCGA和Oncomine数据库子宫内膜癌生物信息学分析[J]. 中国医药导报, 2022, 19(6): 16-20.
DUAN Hongtao PAN Yong. Bioinformatics analysis of endometrial cancer based on TCGA and Oncomine database#br#. 中国医药导报, 2022, 19(6): 16-20.

链接本文:

https://www.yiyaodaobao.com.cn/CN/ 或 https://www.yiyaodaobao.com.cn/CN/Y2022/V19/I6/16

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